Týden po bitvě s replikátory zachytí dálkové senzory Atlantis signál z opuštěné wraithské mateřské lodi. McKay si myslí, že se jedná o loď wraithského "přítele". Tým tedy letí jumperem na loď. Loď je skutečně opuštěná, ale je poškozená, a tak se Rodney dává hned do práce. John, ač ke své nelibosti, na loď přiletí i s Teylou, která s lodí může létat. V záznamech lodi je však zmínka o nějakém tajném projektu, který pomohl Wraithům vyhrát válku s Antiky...