Die dritte Staffel beginnt sieben Monate nachdem die 2nd Mass in Charleston eingetroffen ist. Tom wurde zum Anführer der Überlebenden gewählt und hat alle Hände voll zu tun, den Widerstand zu organisieren. Toms Entscheidung, sich mit den Alienrebellen zu verbünden, sorgt für Unruhe. Hal leidet unter Albträumen, die so real sind, dass er oft nicht weiß, ob er gerade wach ist oder schläft.