Alors que les hérissons ont prévu une intervention dans l'usine de robots de Robotnik, Sonic rencontre Cyrus, un anicen membre de la résistance, qui lui demande de l'aide. Il lui explique que Lionel, son père, a été fait prisonnier par Robotnik et la petite bande est prête à lui tendre la main. Mais Cyrus agit en réalité pour le compte de leur ennemi juré, qui cherche à en savoir plus sur le sanctuaire.