Le vaisseau Néo-Atlante ne détecte plus la présence du Nautilus, ce qui voudrait dire qu'il a bel et bien disparu. Argon emmène Nadia à bord de la Noah Pourpre afin de s'emparer, grâce aux deux pierres bleues, de cet ultime vaisseau de guerre. Là, elle apprend que les hommes sont en fait une création des atlantes.