Miss Dynamite se prépare à embarquer deux tonnes de Pierre Venge. La transaction est interrompue par l'arrivée des Nouveaux Ninjas, suivant les ordres du nouveau maire Ulysse Tantcrédible et destinés à remplacer les anciens Ninjas. Néanmoins, à l'issue du combat, Miss Dynamite parvient quand même à s'échapper avec la cargaison.\n\nLes Ninjas, eux, de leur côté, sont divisés, toujours dévastés par le sacrifice Nya. Kai, Lloyd et Jay se sont retirés, mais Cole et Zane décident de rassembler l'équipe pour mener l'enquête sur le trafic de Pierre Venge. Dans la Mer Infinie, Nya, ne faisant qu'un avec l'océan, parvient de moins en moins à se souvenir de son passé, mais découvre un moyen qui pourrait lui permettre de revenir.\n\nLes Ninjas vont devoir enfreindre la loi et faire évader un détenu de Kryptarium pour sauver Nya. Tandis que pendant ce temps, une personne masquée invite les anciens ennemis des Ninjas à rejoindre le Conseil du Roi de Cristal...