Cet épisode commence 12 ans après les événements de Dune. Paul Atréides est devenu Empereur. Chani, sa femme, lui a donné deux jumeaux : Leto II et Ghanima. Lorsque ses enfants sont victimes d'un attentat, Paul utilise les yeux de Leto pour le voir et l'avertir du danger, mais lors de cet événement, il perd son pouvoir psychique et devient totalement aveugle. En accord avec la coutume Fremen, il se retire dans le désert et laisse ses enfants à sa sœur, Alia...