Amy deve lasciare casa sua per circa cinque settimane a causa di un problema alle tubature e così chiede a Sheldon di provare a vivere insieme nell'appartamento di Penny, che si trasferisce da Leonard; i due passeranno una nottata turbolenta ma alla fine si riappacificano. Nel frattempo Raj scopre il sesso del bambino di Howard e Bernadette ma questi, dopo varie telefonate a vuoto, decidono di non volerlo scoprire.