Alla Neptune High continuano ad arrivare minacce di bombe; il preside, quindi, si rivolge a Veronica che, con l’aiuto di Wallace e di Mac, dovrà indagare tra gli studenti per capire chi di loro sia il colpevole. I sospetti sembrano stringersi attorno all’ultimo arrivato, il misterioso Ben. La cosa che più sconvolge la nostra biondina, però, è una sorprendente rivelazione sulla vita sentimentale di suo padre Keith. In seguito, Veronica ha un’accesa discussione con Duncan riguardo alle sue indagini su Lilly, discussione che porterà il ragazzo a compiere un gesto inaspettato...