Circa un anno dopo l'incidente di SAO, un nuovo gioco, Gun Gale Online, spopola in Giappone. E' principalmente frequentato da giocatori professionisti e un giorno uno di essi sembra essere ucciso nel mondo reale da un giocatore online attraverso un'arma che lui chiama "Death Gun". Kazuto Kirigaya viane quindi contattato da Kikuoka Seijiro della Divisione Virtuale del Ministero degli Affari Interni che gli chiede di iscriversi a GGO per investigare.