L'unico clone Sith sopravvissuto, Jek-14, decide di non combattere per il lato oscuro della forza e vuole essere lasciato solo per costruire in pace, ma sia i Jedi che i Sith lo vogliono dalla loro parte, con quest'ultimo che pianifica di usarlo per clonare un esercito malvagio. Nel frattempo, C-3PO smette di essere l'insegnante supplente dei Padawan e il Consiglio dei Jedi assume Anakin Skywalker come suo sostituto.