Lord Rigan viene inviato dal Maresciallo delle Tenebre con Mikeros affinché distrugga la Fortezza delle Scienze con una potente carica esplosiva. Nel frattempo un mostro guerriero devasta la città, difesa disperatamente da Boss e Venus. Il Grande Mazinga se la vede con Mikeros, ma presto deve accorrere in difesa di Jun, riuscendo a sconfiggere il nemico. Nel frattempo la base si difende strenuamente da Mikeros, utilizzando un nuovo dispositivo a campo magnetico che mette in stallo la nave nemica. Kabuto scopre però che il nemico sta per lanciare un grosso ordigno sulla Fortezza e richiama Tetsuya che, riuscendo a tornare per tempo alla base, scaglia la gigantesca bomba contro Mikeros, distruggendola definitivamente.