มีเนื้อเรื่องเกี่ยวกับเจ้าหน้าที่พิเศษเอฟบีไอสองคน คือ ฟอกซ์ มัลเดอร์ นักจิตวิทยา (รับบทโดยเดวิด ดูคอฟนี) และแดนา สกัลลี นักฟิสิกส์และแพทย์ (รับบทโดยจิลเลียน แอนเดอร์สัน) มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับแฟ้มคดี "เอ็กซ์" คดีลึกลับเกี่ยวกับปรากฏการณ์เหนือธรรมชาติ ทั้งสองคนอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของวอลเตอร์ สกินเนอร์ (รับบทโดยมิตช์ พีเลจจี) ผู้ช่วยผู้อำนวยการเอฟบีไอ