Efter hændelsen ved kirken, Saber og Shirou vende hjem blot for at finde Rin på gulvet og hårdt såret. Det viser sig at Kirei Kotomine overfaldt hende, mens Shirou og Saber blev besat, og det er ikke alle, fordi han også har taget Ilya og har planer om at gøre hende det offer for den hellige gral. Hjulpet med Rin endelige rådgivning, de begge hovedet til Ryudouji hvor Kirei kommer til at indkalde den hellige gral. Saber vil kæmpe igen med Gilgamesh og Shirou bliver nødt til at forlade hende og beskæftige sig med Kirei, der tydeligvis har en form for personlig vendetta mod Shirou.The sidste kamp er først lige begyndt.