Der Pilot eines Transportflugzeugs, Joe Henderson, stürzt während eines Routinefluges über dem zentralamerikanischen Staat San Perez ab. Die neuen Machthaber wollen ihn wegen Spionage verurteilen und ihn anschließend töten. Als er über die offiziellen Kanäle nichts erreicht, wendet sich Hendersons Boss Jeff Moore an MacGyver, um seinen besten Mann unversehrt zurück in die Staaten zu bringen. MacGyvers Rettungsaktion wird indes erschwert durch Hendersons Tochter Kelly, die beschlossen hat, die Angelegenheit in ihre eigenen Hände zu nehmen.