Se ha producido una serie de incidentes en varios países del mundo donde las instalaciones de almacenamiento de uranio son atacadas por un misterioso robot llamado Turtle King. El Dr. Nambu de la Organización Científica Internacional, cree que este incidente es obra de la malvada organización Gálactor, que planea conquistar el mundo. Nambu, ha formado al equipo científico ninja, compuesto por cinco jóvenes: Ken, Joe, Jun, Jinpei y Ryu. El doctor Nambu ordena al equipo ninja buscar la base del enemigo, ensamblando sus mechas en una nave, formando así, la God Phoenix.