Petit-neveu de l'empereur François-Joseph, il est à sa naissance cinquième dans l'ordre de succession au trône et a donc peu de chance de ceindre un jour la couronne. Les morts de l'archiduc héritier Rodolphe en janvier 1889 sans descendance mâle puis de son grand-père l'archiduc Charles-Louis, frère cadet de l'empereur, en 1896 le rapprochent du trône mais surtout, en 1900, le mariage morganatique de son oncle, l'archiduc héritier François-Ferdinand (dont les enfants seront non dynastes), puis la mort prématurée de son père l'archiduc Othon en 1906fait de lui, à l'âge de 19 ans, l'héritier à terme de la double-monarchie. Il devient selon la tradition familiale officier dans l'armée austro-hongroise. L'archiduc Charles et l'archiduchesse Zita, le jour de leur mariage (21 octobre 1911) Le 21 octobre 1911, il épouse la princesse Zita de Bourbon-Parme (1892-1989) fille de Robert Ier, duc de Parme, dont le procès de béatification a été ouvert le 10 décembre 2009. Il bénéficie de l'affection sincère du vieil empereur François-Joseph accablé par les deuils. Il est également très proche de sa mère et de la troisième épouse de son grand-père l'archiduchesseMarie-Thérèse de Bragance. Ce qui n'empêche pas d'absurdes calomnies, misant sur son inexpérience, de lui prêter d'imaginaires penchants pour l'adultère ou l'alcool. Il entretient de bonnes relations tant avec son grand-oncle (l'Empereur) qu'avec son oncle (l'archiduc héritier), entre lesquels les relations sont souvent tendues. Il devient brutalement l'héritier du trône le 28 juin 1914 après l'assassinat de son oncle l'archiduc François-Ferdinand à Sarajevo. Il prend la succession de son grand-oncle à la mort de celui-ci le 22 novembre 1916.