Shiki est stupéfié de découvrir que son grand-père est encore en vie, mais l'est encore plus quand il découvre ses noirs desseins. Une bataille intense s'engage maintenant entre les deux camps. Mais très vite, l'Edens One prend le dessus sur l'Edens Zero, qui ne doit son salut grâce à l'intervention providentielle d'une certaine personne...