Les forces de Darhk ont mis la main sur Rubicon, un logiciel capable de prendre le contrôle des tirs de missiles de n'importe où. Le seul capable de pirater le logiciel et empêcher la frappe imminente serait Noah Kuttler. Dans le souterrain refuge de l'opération Genesis, Thea fait face à son père mais aussi à Lonnie Machin, qui a infiltré la base et s'apprête à la détruire.