M.E.C.H. se crée un clone d'Optimus Prime, nommé Némésis Prime, et le télécommande pour qu'il ravage une base militaire. Naturellement, le vrai Optimus est blâmé pour cette destruction, et l'armée des États-Unis devient hostile. Les Autobots essayent alors de retrouver ce clone et ainsi prouver l'innocence d'Optimus.