Haut responsable du FBI, l'homme à la cigarette a toujours été une énigme pour l'agent spécial Fox Mulder. Mais, à force de recherches discrètes et multipliées, ce dernier a enfin réussi à mettre la main sur des documents ultra-confidentiels qui retracent la carrière de son ennemi intime... En 1962, on retrouve la trace de l'homme à la cigarette à Fort Braggs. Agé d'une trentaine d'années, ce capitaine au parcours exemplaire mais dont le père, espion au profit de l'URSS, a été condamné à mort, est un jour convoqué par plusieurs responsables militaires. Ces derniers critiquent l'attitude de la Maison Blanche dans l'affaire de la Baie des Cochons...