Dans les derniers moments d’une bataille épique avec le maléfique Professeur Blakk, le légendaire protecteur de Slugterra, Will Shane, réussit à envoyer un message final à son fils resté à la surface. Eli, nommé comme le successeur de son père, descend dans les entrailles de Slugterra afin de rétablir la paix, mais il réalise très vite qu’il ne sera pas capable de le faire seul. Avec l’aide de ses nouveaux amis Pronto, Trixie et Kord, Eli se fait lentement une réputation dans les prestigieux tournois de lancer de Slugs , mais il montre sa véritable force lorsqu’il est confronté à l’ancien ennemi de son père : le Professeur Blakk.