Les membres de la S.W.A.T. doivent collaborer avec le FBI pour retrouver un groupe de séparatistes qui ont accès à du plutonium. A cette occasion, Hondo retombe sous le charme d'une de ses anciennes petites amies, l'agent spécial Elle Trask. En parallèle, l'équipe craint de perdre un concours de bienfaisance consacré à l’application de la loi au profit du service "lutte contres les incendies" de Los Angeles.