A Dr. Weir által vezetett expedíció megérkezik az Ősök elveszett városába. Hamar új barátokra tesznek szert: az athosiakra és egy új, erős ellenségre: a lidércekre. Az expedíciónak a Földtől elvágva kell túlélniük az új galaxisban, miközben az Ősök technológiáját kell megfejteniük és utat kell találniuk a lidércek elpusztítására. Sheppard őrnagy összeállít egy csapatot, aminek tagjai ő maga, Dr. Rodney McKay, Aiden Ford hadnagy és az athosi vezető, Teyla Emmagan, aki Atlantisz első kapcsolatteremtő csapatát szolgálja. Első misszióik egyikében egy másik ellenséget is találnak, a Genii-t, egy emberi katonai civilizációt az 1950-60-as évek technológiai szintjével. Az évad végén a lidércek megkezdik Atlantisz ostromát.