Skye ha un incubo dove vede se stessa neonata venire abbandonata da Coulson e May mentre un carillon suona Daisy Bell e il suo corpo diventa pietra. Risvegliatasi viene mandata in missione a Vancouver, Canada, assieme a May e Hunter (che intanto ha ri-iniziato una relazione con Bobbi) per prelevare Raina e la sua scorta, Billy e Sam Koenig, prima che siano localizzati dall'HYDRA. Il resto del team si reca nel frattempo nel luogo in cui è stata localizzata la città aliena: San Juan, Porto Rico, nella speranza di farla saltare in aria con dell'esplosivo senza coinvolgere i civili; durante l'ispezione preliminare però, Mack si cala all'interno del luogo ed entra a contatto con un murale che gli provoca uno scatto d'ira incontrollata tale per cui, una volta riemerso, aggredisce i suoi compagni costringendoli a scaraventarlo nuovamente di sotto. Nel frattempo Skye, recuperata Raina, scopre da lei che, svariati secoli addietro, degli "angeli blu discesi dal cielo", i Kree, crearono l'Obelisco per selezionare gli umani col potenziale per diventare qualcosa di più e risparmiarli dallo sterminio dell'umanità: loro due sono tra i suddetti prescelti. Poco dopo tale rivelazione l'aereo viene abbordato da un plotone di uomini dell'HYDRA guidati da Ward, che preleva sia Raina che Skye promettendo che i suoi uomini non spareranno contro il velivolo dopo che se ne sarà andato.