Chakotay e Janeway vengono convocati urgentemente da Sette di Nove al laboratorio astronometrico: tramite le nuove apparecchiature, e una rete di sensori alieni abbandonati, è stata localizzata una nave della Federazione... nel Quadrante Alfa. Immediatamente viene inviato un segnale alla nave, ma il segnale è troppo debole e viene riflesso prima di arrivare a destinazione. La nave della Federazione sta per uscire dal raggio dei sensori alieni quando B'Elanna trova la soluzione: inviare un messaggio olografico... il dottore! Arrivato a bordo della Prometheus, una nave prototipo della Federazione, il dottore scopre, da un ufficiale in punto di morte, che la nave è stata abbordata dai Romulani, e che questi ne hanno preso il controllo. L'unico suo alleato è il nuovo modello di dottore olografico, molto poco propenso, però, a qualsiasi azione al di fuori dell'infermeria.