La disputa fra Sydney e una fisicamente alterata Anna trova nuovo terreno di scontro quando uno strano chip di computer, strettamente collegato a Vaughn, viene rinvenuto all'interno del corpo senza vita di Renée. Sloane continua le sue ricerche, ma è tormentato dalla visione di Nadia. Jack rivela al gruppo APO che Vaughn è ancora vivo. La morte di Anna potrebbe essere un vantaggio per Syd.