Il mondo è stato infettato da "Pollutant" anni fa - un mondo che si è spaccato e in genere è stato un casino. Questo inquinante genera brutte "bestie inquinanti", ma ha anche portato le persone a ottenere poteri speciali. Le città che ora sporcano il mondo sono protette dagli alchimisti e sono mobili: questi sono i "Regios" del titolo. La storia segue un ragazzo di nome Lei-Fon Alseif che inizia in una nuova scuola dopo la scomparsa del suo amico d'infanzia e viene reclutato nello speciale 17 ° plotone per combattere le bestie inquinanti.