All'ospedale viene ricoverato il signor Burns, un ex-tossicodipendente, e i medici decidono di non somministrargli farmaci che potrebbero farlo ricadere nella dipendenza. Nel frattempo Carla perde l'autobus e ottiene un passaggio verso l'ospedale dal dottor Kelso. L'infermiera, trascorrendo del tempo con lui, inizia a scoprire il suo lato più gentile. Intanto Turk, su ordine di Carla, cerca di socializzare con il dottor Cox e continua a incontrarlo al gabinetto. Poco dopo all'ospedale spariscono dei narcotici e tutti sospettano di Burns dati i suoi precedenti, eccetto Alex che lo difende dai sospetti di Elliot. Anche J.D. prende le sue difese, soprattutto per fare buona figura con Alex come suggerito da Turk, ma Elliot si offende con lui per avere preferito la sua nuova ragazza. Il giorno dopo Turk capisce che Cox è ancora innamorato di Carla ma decide di non dirle niente. Tornati a casa, J.D. sta per andare a letto con Alex ma scopre nella sua borsa i narcotici rubati. I due ne parlano, ma da quel giorno non si sentiranno più. J.D. decide poi di scusarsi con Elliot e lei gli dichiara il suo amore.