J.D. crede che Turk abbia commesso un errore nell'operare un paziente che è poi passato sotto le sue cure. Dopo aver notato i continui peggioramenti del paziente, pensa subito ad una possibile infezione causata dall'intervento chirurgico del suo amico. Intanto un tentativo di bacio con Elliot andato male lo spinge a cercare di fare tutto il possibile per non rischiare di essere relegato nella friend zone. Elliot invece ha una discussione con il dottor Kelso per via dell'appellativo che lui usa verso le giovani dottoresse e che la infastidisce. J.D., distratto da Elliot e convinto dell'errore di Turk, si renderà conto solo grazie a Carla che in realtà l'errore è stato suo e che il paziente è salvo proprio grazie all'attenzione del suo amico Turk.