Dopo aver messo fine all'incidente di SAO nel 2024 e aver salvato Asuna in Alfheim Online (ALO), Kazuto Kirigaya ritorna finalmente nel mondo reale per riprendere la sua vita normale con i suoi amici. Tuttavia, quando una serie di morti inizia a colpire un VRMMORPG chiamato "Gun Gale Online" (GGO), Seijirō Kikuoka del Ministero degli Affari Interni convince Kazuto a tornare a impersonare il suo personaggio virtuale "Kirito" anche in questo gioco, per investigare sul caso riguardante un giocatore noto come Death Gun, che pare possa assassinare una persona nel mondo reale semplicemente uccidendo il suo avatar nel gioco.