우주세기 0079. 스페이스 콜로니 '사이드3'는 지온 공국이라고 자칭하며 지구 연방에 독립전쟁을 선포했다. 인류의 절반 이상을 죽음에 이르게 한 이 전쟁은 교착 상태에 빠져있었다. 그런 상황에서 연방측의 콜로니 '사이드7'에 수상한 움직임을 감지한 지온 공국군의 샤아 아즈나블 소령은 모빌 슈트 자쿠 3기를 정찰대로 투입한다. 연방군은 그곳에서 건담을 중심으로 한 신예 모빌슈트의 개발 및 운영 테스트를 하고 있었다. 흥분한 신병 진은 초조한 마음에 폭주하여 독단으로 포격을 시작했다. 사이드7의 소년 아무로 레이는 다른 민간인들과 같이 전화에 휘말려 버리지만 거기서 아버지가 개발하던 건담 설명서를 우연히 줍는다. 이웃인 프라우의 가족들이 죽는 모습을 본 아무로는 건담의 조종석에 올라타 건담으로 자쿠에 맞서고 아무로는 완전한 아마추어인데도 빔사벨로 2기의 자쿠를 파괴하는데 성공한다. 하지만 샤아는 무사이 함에서 미사일을 발사, 사이드 7을 계속 공격한다.