지라이야는 나루토의 팔괘봉인에 맞는 열쇠를 갖고 있는 케로토라를 불러내서 도장을 찍고 자기에게 무슨 일이 생기면 나루토의 몸에 들어가라고 말하고 미나토가 나루토의 몸에 구미의 음의 차크라를 봉인한 것은 무슨 이유가 있을 거라며 구미의 출현은 천재지변이 아니라 누군가 소환해낸 것이라며 초대 호카게와의 싸움에서 죽었다고 알려진 우치하 일족의 창시자 우치하 마다라를 거론한다. 그리고 페인을 직접 만나기 위해 비닌자의 모습을 하고 나가지만 이를 지켜본 코난은 페인에게 침입자의 정체가 지라이야란 것을 알리고 지라이야와 싸움을 벌인다. 뒤이어 쫓아온 페인, 지라이야는 페인이 나가토란 사실을 눈치채고 페인은 자신은 인간에서 신이 되었다며 봉인한 미수를 이용해서 엄청난 병기를 만들어서 전쟁을 끝낼 것이라며 자신은 세상을 성장시키기 위해 아픔을 가르쳐줄 거라며 궤변을 늘어놓는다.