뇌문시티에 도착한 일행들은 지하철로 포켓몬센터에 가게 되었다. 지하철의 운전석을 흥분해서 보고 있던 메트로 소믈리에 덴트. 그런데 열차는 긴급정지하고 만다. 창 밖의 모습을 살펴보니 바로 옆 선로를 한번도 본적이 없던 차량이 지나가는 것이었다. 뇌문시티의 지하철을 관리하는 서브웨이마스터인 상행, 하행과 합류한 일행. 두 사람의 말에 의하면 최근 시간표에 없는 “유령열차”가 나타난다고 한다. 유령열차의 정체가 궁금하면서도 포켓몬센터로 향하는 일행. 이 곳 포켓몬센터에는 다른 곳에는 없는 포켓몬들의 마음과 몸을 쉬게 하는 특별한 서비스가 있다는 이야기를 듣고 지우와 친구들은 모든 포켓몬들을 맡기기로 하는데!?