경호인 요괴 야옹선생과 함께 할머니 레이코의 유품 ‘우인장’에 이름을 적힌 요괴들에게 이름을 돌려주며 하루하루를 보내는 나츠메. 나츠메는 베일에 싸여있던 할머니에 대해서 이해를 하게 되고, 마냥 두려워만 하고 기피했던 요괴들에 대한 마음도 조금씩 움직인다. 그러던 어느 날, 야옹선생과 꼭 닮은 검은 고양이가 나타나 우인장을 갖고 달아난다. 나츠메는 요괴의 목숨과도 같은 우인장을 되찾기 위해 필사적으로 뒤를 쫓다가, 숲에서 어디론가 향하는 요괴의 무리를 발견한다. 숲에 모인 요괴들은 인간에게 봉인을 당한 ‘주인님’을 구해내고, 인간들을 공격하기 위한 회합을 갖고 있었다. 위험을 무릅쓰고 요괴로 변장하여 이들 무리에 끼어든 나츠메는 우인장을 훔쳐간 검은 고양이를 발견하는데, 검은 고양이의 정체는 바로 나츠메의 실수로 봉인에서 깨어난 ‘주인님’ 이었던 것이다. 인간을 좋아하고 따랐던 ‘주인님’은 나츠메의 도움으로 숲의 요괴들을 진정시키고, 이름도 되찾게 된다.