후지와라 부부의 집 앞에 남겨진 발자국과 낙서. 요괴의 짓이라며 불길한 예감을 받자마자, 집에서 괴이한 일들이 일어나기 시작한다. 정원이 엉망이 되거나 2층에서 뭔가 뛰어다니는 소리가 들리기도 하고, 급기야 토우코 아주머니까지 두통에 시달리게 된다. 나츠메는 우연히 시게루 아저씨에게 오래 전에도 비슷한 일이 있었는데, 어떤 여자가 집을 찾아오고 나서 괴이 현상이 그쳤다는 이야기를 듣는다. 그 여자는 바로 나츠메의 할머니 레이코로, 친하게 지내던 어린 시절의 시게루의 집에 달라붙은 요괴를 퇴치했던 것이다. 나츠메를 레이코로 착각하고 복수를 하기위해 다시 찾아온 요괴. 나츠메는 자신을 아껴주는 후지와라 부부와 집을 지켜내기 위해 요괴에게 맞서, 오래 전에 레이코가 쓴 방법으로 요괴를 퇴치하는 데에 성공한다.