Drie jaar zijn verstreken sinds de strijd met het White Comet Empire. President Dessler, die op zoek is naar een nieuwe moederster om het stervende Gamilas-volk te redden, vindt in een deel van het Melkwegstelsel een ster die aan de voorwaarden voldoet. Maar het bevond zich op het grondgebied van een machtige interstellaire natie. Bij het territoriale geschil dat in de Melkweg uitbrak, is onvermijdelijk de aarde betrokken, die een veiligheidsverdrag heeft met Gamilas. De magie van de tijdfout, die de aarde militaire en economische voordelen opleverde, is verdwenen in ruil voor hun eigen leven. Susumu Kodai vertrekt met de nieuwe bemanning op een trainingsreis ter voorbereiding op een naderende noodsituatie. Zonder te weten dat iemand die op zichzelf mikt, er middenin zit. Yamato staat op het punt een nieuwe reis te ondernemen in een tijdperk van ongekende angst. Onderweg wacht een onvoorstelbare nieuwe vijand...