Kontynuacja poprzedniego odcinka. Wewnątrz FBI rozpoczyna się śledztwo dotyczące nadużywania władzy przez agentów z Archiwum X. Shannon McMahon, która służyła niegdyś z Doggettem wyjawia mu, że jest prototypem super-żołnierza. Prosi go, aby ujawnił śmierć mężczyzn, których zabiła oraz to, czym się zajmowali. Wszystko prowadzi do laboratorium znajdującego się na pokładzie statku marynarki wojennej.