С исчезновением Лорда Гармадона из Преисподней на острове Ниндзяго воцарились мир и спокойствие, а жизнь Ниндзя стала ленивой и размеренной. Гармадон тем временем прячется в тени, ожидая удобного случая, чтобы нанести решающий удар. В это время он знакомится со своим юным сыном, Ллойдом, который по своей беспечности подвергает остров Ниндзяго новой ужасной угрозе — нашествию древних Змеиных кланов. Предводитель Серпентинов, Пайтор, думает коварный план чтобы возродить легендарного Великого Поглотителя — змея, способного пожирать всё на своём пути. Ниндзя придётся заглянуть внутрь себя, чтобы полностью раскрыть свой потенциал. Само существование острова Ниндзяго теперь под угрозой. Ниндзя приходится не только сражаться с нашествием Змеиных кланов, но и взять на себя воспитание Ллойда, когда становится известно, что именно он станет Зелёным Ниндзя из пророчества — могущественным воином, которому суждено победить Тёмного лорда в решающей битве между добром и злом. По мере развития событий каждый из Ниндзя делает важные открытия о своей природе, что позволяет им овладеть силами стихий. Чтобы справится с Великим Поглотителем, Ниндзя приходится положиться на помощь Лорда Гармадона, который обладает уникальной способностью использовать все четыре вида Золотого оружия. В конце концов, Лорд Гармадон исчезает, прихватив с собой Золотое оружие — то самое, которое необходимо ему, чтобы превратить остров Ниндзяго в его отражение.