ในยุคที่ใกล้จุดสิ้นสุดของเหล่าบรรดาซามูไรในญี่ปุ่นในปี 1863 ฝ่ายสนับสนุนโชกุนและฝ่ายต่อต้านโชกุน ได้ก่อให้เกิดยุคสมัยใหม่ แต่อย่างไรก็ตาม ในอนาคตอันแสนไกล ได้มีผู้ประสงค์ร้ายต้องการจะเปลี่ยนแปลงประวัติศาสตร์ให้ต่างจากเดิม จึงได้ส่งเหล่าวายร้ายมาเพื่อที่จะแก้ไขประวัติศาตร์ ทำให้ ซานิวะ ผู้เป็นนักปราชญ์ ผู้ที่สามารถเปลี่ยนวิญญาณที่สถิตในดาบอันเลื่องชื่อให้มีชีวิตได้ จึงส่ง Horikawa Kunihiro และ Izuminokami Kanesada พร้อมพรรคพวก เพื่อมุ่งหน้าไปยังยุคของ เอโดะ เพื่อไปหยุดเหล่าศัตรูที่มุ่งหมายจะแก้ไขประวัติศาสตร์ไปในแนวทางที่ชั่วร้าย