深夜,在京都市内某家古董店,一根价值500万日元的金条被盗。时矢历彦在案发当晚偶然路过店门前,看到过一个奇怪男人,他把这当作调查的方向。听店长高泽说店里有防盗监控时,时矢和智佳都松了口气。这时,网络犯罪对策室主任但马正树找到二人。他告诉时矢此案不是单纯的盗窃案。在但马催促下,他们看到防盗录像,发现金条在空中悬浮,然后就从画面上消失了。从影像上看,简直就是“透明人”作案。时矢和智佳大吃一惊。实际上,这家店从安保公司引进的防盗监控系统,只要设定年龄和性别等条件,就可以把符何条件的客人从画面上抹掉。也就是说,犯人侵入安保公司的系统,设定了不拍摄到自己的条件,同时,解除了大门的警报系统,进入店中,堂而皇之地盗走了金条。但马将此案定性为前所未见的黑客利用网络犯罪,13系也加入了调查。防盗系统的开发者、安保公司职员北浦菜月也提出全面协助警方。就在这时,高泽被人杀死在店中。另外,虽然时矢已经记不起来了,实际上,三年前,但马曾短暂地在13系工作,而且与时矢搭档,不知为何,他对时矢怀有强烈的恨意。