Le NCIS est en crise. En effet, l’agent Kensi Blye a été enlevée par les Talibans soixante-douze heures plus tôt. Le directeur adjoint Owen Granger est parti à sa recherche, mais il n’a pas donné de signe de vie depuis plusieurs heures. Toute l’équipe est immédiatement envoyée en Afghanistan pour tenter les retrouver. Mais tout se complique quand la CIA commence à se mêler de l'affaire.