L'équipe est sollicitée par le secrétaire d'Etat à la marine pour enquêter discrètement au sein d'un groupe de lutte contre le terrorisme où pourrait se trouver une taupe. Sam et Callen pensent même qu'il pourrait s'agir d'un membre du NCIS. Les choses se compliquent lorsque Eric découvre que la CIA et le FBI ont été piratés. Les agents sont surpris lorsqu'ils comprennent que l'auteur de cette cyber-attaque est une adolescente.