Vera et ses amis vont à Tôkyô. La jeune fille va participer à un concours scientifique et présenter son expérience sur les vers de terre et l'espace. Ils y rencontrent le professeur Honodera, un scientifique harcelé par le fantôme d'un vieux sage. Ce dernier invoque un monstre géant pour détruire les aménagements urbains dont le professeur est si fier. Le Scooby-Gang va aider le scientifique tout en essayant d'échapper à Takehiko Tanaka, une jeune policière ambitieuse aidée par Eliott, un adolescent passionné de sciences qui considère Vera comme sa rivale n°1.