Haru et ses amis sont privés de leurs Appli Drive et de leurs Appmons, mais à la faveur d'un rendez-vous à la librairie de Ai, ils passent une porte secrète qui mène au monde virtuel et ont une conversation avec Den'emon, le grand-père «virtualisé» de Haru. Ce dernier les incite à entrer en contact avec Minerva, l'entité informatique bienveillante dont est accidentellement issu Leviathan...