Les Appmons sont prisonniers à l'intérieur de Léviathan et sur le point d'être absorbés. Mais Hajime imagine un plan : en réveillant Minerva, l'I.A. bienveillante, et en utilisant la parabole de la plus haute tour de Tokyo, il serait possible de pirater Léviathan et de libérer les Appmons. Une course contre la montre s'engage...