A bordo della base cylone e del Galactica la situazione è inizialmente diversa. Dai cyloni, la vita di Baltar è appesa a un filo dato che i membri dei sette modelli si stanno consultando poiché incerti se giustiziarlo o no mentre dagli umani a Sharon Agathon viene trovato un adeguato nome di battaglia: Athena. Baltar deve far qualcosa per far cambiare loro idea e si offre di mettere a disposizione le proprie conoscenze per aiutarli nella ricerca della Terra conducendoli ad una “nebulosa dalla testa di leone con occhi rosso e blu”. Qui i cyloni trovano una radio boa abbandonata e molti di loro, poi, la morte, dovuta ad un virus misterioso. Il grave problema per l’Ammiraglio Adamo è, piuttosto, il comportamento di Scorpion e Tigh che soffrono di una grave forma di stress post traumatico, ma che sfogano la propria rabbia e frustrazione contro “coloro che non hanno combattuto su New Caprica”. Baltar si offre di analizzare la base e scopre la provenienza umana del virus (uno starnuto!!), ma non avverte del fatto i cyloni facendo infuriare Caprica Six e complicando ulteriormente la sua posizione. Successivamente, alla base giunge anche una squadra del Galactica che scopre l’entità del virus (cui sono immuni gli esseri umani ed anche Athena perché ha portato nel suo grembo una bambina umana) portando a bordo alcuni cyloni in gravi condizioni. A bordo del Galactica si assiste ad un vero e proprio caso di coscienza. Da una parte Apollo che vorrebbe approfittare di questa, inaspettata, “arma batteriologica” per spazzare via il nemico tramite il download dei prigionieri infetti ed Helo che reputa questa azione un “crimine contro l’umanità” visto che sterminerebbe totalmente la popolazione cylone. Il Presidente Roslin accoglie la logica di guerra di Apollo ed ordina all’Ammiraglio Adamo di organizzare un piano adeguato, ma nel tempo necessario alla sua realizzazione, Helo uccide i cinque prigionieri senza che avessero la possibilità (causa distanza troppo elevata con la base Resurrection) di effettuare il download. Ormai il danno è fatto e l’Ammiraglio non vuole alcuna inchiesta. La sua priorità è quella di risolvere la questione con Scorpion e Tigh: li affronta a muso duro intimando loro di riprendersi o mollare. Kara se ne va stizzita (anche se, successivamente, si vedrà con Kacey con cui cercherà di ricostruire il bel rapporto) mentre Tigh è determinato a non voler vedere più nessuno e non uscire più dal suo alloggio.