미사카미코토와 쏙 빼닮은시스터즈(여동생들) '미사카'가 미코토의 클론임을 알게 된 토우마는미코토의 기숙사를 찾아간다. 미코토는 방에 없었지만 룸메이트인 쿠로코의 도움으로 미코토의 방에 들어가게 된 토우마는 우연히 침대 밑에 숨겨져 있던 보고서를 발견하고 그 보고서를 통해 미코토 그리고 그녀의 여동생들인 '미사카'와 관련된 '실험'이 진행 중임을 알게 된다. 그 실험이란 바로 학원 도시 최강의 능력자 '액셀러레이터(일방통행)'을 현재의 능력 단계 레벨 5에서 그 누구도 도달하지 못했던 레벨 6로 만드는 것이었다. 갑작스럽게 알게 된 진실에 충격을 감추지 못하던 토우마는미코토가 걱정되는 마음에 그녀를 찾아 나선다. 한편, 그 시각 자신이 어렸을 적 제공한 DNA 맵 때문에 자신의 클론이 만들어지고 그로 인해 자신의 클론인 시스터즈가 하나, 둘씩 목숨을 잃고 있다는 죄책감에 괴로워하던 미코토는 '액셀러레이터(일방통행)'을 멈출 수 있는 사람은 자신밖에 없다는 생각에 '액셀러레이터(일방통행)'를 만나 정면으로 맞서 싸워 보기로 결심한다. 그렇게 이미 죽음까지 각오한 미코토의 앞을 가로막아선 건 다름 아닌 그녀를 찾아 헤매던 토우마였는데...