No século 15, durante o Renascimento na Itália, numa época onde uma nova era está prestes a aparecer, uma conspiração está ser preparada para deitar a baixo a poderosa família Médici e destruir uma Itália unificada. Giovanni é um assassino, e deve enfrentar esta ameaça e trazer a justiça aos responsáveis. A história é uma situação antes de “Assassin's Creed II”, e os inimigos de ambos os personagens