L'expédition se scindera en deux parties pour mieux remonter le Nil Victoria et le Nil Albert. Ils se retrouveront tous pour l'ascension du mont Marguarita dans le massif du Rwenzori que Nicolas HULOT baptise le Nil de glace. Toute l'émission se déroule en Ouganda. Nicolas HULOT et son équipe démarrent leur expédition du lac Albert et des chutes Murchisson là où le Nil se sépare en deux branches. N. HULOT survole cette région avec son ballon à moteur. Le Nil Victoria traverse une importante réserve animalière. On peut y voir éléphants, hippopotames, girafes, gazelles et crocodiles. N. HULOT se fait peur en rasant l'eau et les crocodiles suite à une panne sur son engin volant. Olivier ARCHAMBEAU remonte le Nil Victoria à bord du Pélican, l'hydravion de l'équipe, et survole le lac Albert, vaste étendue d'eau, qui a longtemps été considéré comme la source du fleuve.