Rei, Astra et Eri, aidés de leurs Appmons de niveau divin, partent affronter Deusmon qui capture les êtres humains et les transforme en données numériques pour alimenter Léviathan. Pendant ce temps, Yûjin essaie d'éliminer Haru et parvient, grâce à Rebootmon, à faire apparaître Léviathan...